Биоинформатики СПбГУ первыми из российских ученых получили грант Фонда Цукерберга

Биоинформатики Центра алгоритмической биотехнологии СПбГУ стали первыми российскими учеными, получившими грант Фонда Цукерберга на развитие своих проектов SPAdes и QUAST. Разработанные ими программы имеют открытый код и используются тысячами специалистов в области геномики по всему миру.

«Инициатива Чан — Цукерберга» (Chan Zuckerberg Initiative) — благотворительный фонд создателя Facebook Марка Цукерберга и его супруги Присциллы Чан, основанный в 2015 году. Его целью является помощь в решении сложных социальных проблем, среди которых искоренение болезней и повышение качества образования. Грант, который получил коллектив лаборатории «Центр алгоритмической биотехнологии» СПбГУ, направлен на поддержку программ с открытым исходным кодом, необходимых для биомедицинских исследований.

Лаборатория «Центр алгоритмической биотехнологии» была создана в СПбГУ в конце 2014 года в рамках проекта мегагрантов СПбГУ для решения важнейших вычислительных задач современной биомедицины. Флагманский продукт лаборатории — программа SPAdes (Saint Petersburg Assembler) — используется тысячами специалистов в области геномики по всему миру. Разработанная учеными Санкт-Петербургского университета программа восстанавливает полную первичную структуру геномной ДНК, то есть фактически расшифровывает генетический код.

QUAST (Quality Assessment Tool) — это программа, определяющая качество геномных сборок. Инструмент принимает несколько сборок, поэтому подходит в том числе для их сравнения. Таким образом, программы связаны логикой геномного проекта: оценка качества данных — сборка данных — оценка качества сборки — научный анализ.

«Это уникальный грант, аналогов которому нет. Он является признанием значимости для мировой науки пакета программ, созданных нашей лабораторией. Мало кто создает некоммерческие программы такого уровня и качества, а в России это без лишней скромности единственный бренд с десятками тысяч пользователей по всему миру и признанием лидерства обоих продуктов самыми строгими и придирчивыми экспертами», — отметила заместитель директора Центра алгоритмической биотехнологии Института трансляционной биомедицины СПбГУ Алла Лапидус.

По ее словам, мало создать хороший продукт, его также нужно достойно поддерживать технически — это масштабная и дорогостоящая работа, требующая высокой квалификации участников. «SPAdes и QUAST являются программами с открытым исходным кодом, и компаниям невыгодно поддерживать их финансово. «Инициатива Чан — Цукерберга» тем и ценна, что при распределении грантов она учитывает не только роль научной составляющей, но и потребность в дорогой «ненаучной» составляющей, без которой науке не на что опираться», — отметила Алла Лапидус.