Как был открыт новый вариант Omicron и что известно на данный момент

С самого начала пандемии коронавируса Сеть по надзору за геномикой в ​​Южной Африке отслеживает изменения в SARS-CoV-2. Это ценный инструмент, позволяющий лучше понять, как распространяется вирус. В конце 2020 года сеть обнаружила новую вирусную ветвь 501Y.V2, которая позже стала известна как бета-вариант. Теперь идентифицирован новый вариант SARS-CoV-2 — B.1.1.529. Всемирная организация здравоохранения объявила это опасным вариантом и присвоила ему название Omicron.

Кто стоит за поиском новых вариантов коронавируса?

Поиск вариантов требует согласованных усилий. Южная Африка и Великобритания были первыми крупными странами, которые внедрили общенациональные усилия по геномному надзору за SARS-CoV-2 еще в апреле 2020 года.

Охота за вариантами, как бы увлекательно это ни звучало, осуществляется путем секвенирования всего генома образцов, которые дали положительный результат на вирус. Этот процесс включает проверку каждой полученной последовательности на предмет отличий от того, который распространяется в Южной Африке и во всем мире. Когда ученые видят несколько различий, это сразу же вызывает тревогу, и они продолжают исследование, чтобы подтвердить то, что они заметили.

Южная Африка оказалась хорошо подготовлена ​​для такой ситуации. Это стало возможным благодаря центральному хранилищу лабораторных результатов государственного сектора в Национальной лабораторной службе здравоохранения (NGS-SA), хорошей связи с частными лабораториями, Провинциальным центром медицинских данных провинции Западный Кейп и современным оборудованием и опытом моделирования.

Кроме того, в Южной Африке есть несколько лабораторий, которые могут выращивать и изучать настоящий вирус и определять, насколько антитела, сформированные в ответ на вакцинацию или предыдущую инфекцию, способны нейтрализовать новый вирус. Эти данные позволят охарактеризовать новый вирус.

Бета-вариант распространялся между людьми намного эффективнее, чем SARS-CoV-2 «первого типа» или «наследственный», и вызвал вторую волну пандемии в Южной Африке. Таким образом, он было классифицировано как вариант, вызывающий озабоченность. В 2021 году еще один вариант беспокойства, называемый дельтой, распространился на большую часть мира, где вызвал третью и четвертую волну пандемии.

Совсем недавно в рамках рутинного секвенирования, проведенного лабораториями-членами Сети надзора за геномикой, была обнаружена новая линия вируса, названная B.1.1.529, в Южной Африке. В семидесяти семи образцах, собранных в середине ноября 2021 года в провинции Гаутенг, был обнаружен этот вирус. О нем также сообщалось в небольшом количестве из соседней Ботсваны, а также из Гонконга. Сообщается, что случай в Гонконге — путешественник из Южной Африки.

Всемирная организация здравоохранения дала B.1.1.529 название Omicron и классифицировала его как вариант, вызывающий озабоченность, например, бета и дельта.

Почему Южная Африка вызывает опасения по поводу различных вариантов?

Это определенно кажется чем-то большим, чем просто результатом согласованных усилий по мониторингу циркулирующего вируса. Одна из теорий состоит в том, что люди с сильно ослабленной иммунной системой, которые испытывают длительную активную инфекцию, потому что не могут избавиться от вируса, могут быть источником новых вирусных вариантов.

Предполагается, что некоторая степень «иммунного давления» (что означает иммунный ответ, который недостаточно силен для уничтожения вируса, но оказывает некоторую степень селективного давления, которое «заставляет» вирус развиваться) создает условия для появления новых вариантов.

Несмотря на продвинутую программу антиретровирусного лечения для людей, живущих с ВИЧ, многие люди в Южной Африке имеют запущенное заболевание ВИЧ и не получают эффективного лечения. Было исследовано несколько клинических случаев, подтверждающих эту гипотезу, но многое еще предстоит узнать.

Почему вариант Омикрон вызывает беспокойство?

B варианте 1.1.529 вирус содержит определенные мутации, которые вызывают беспокойство. Раньше они не наблюдались в такой комбинации, а один только спайковый белок имеет более 30 мутаций. Это важно, потому что такой белок — это то, что составляет большую часть вакцин.

B.1.1.529 имеет генетический профиль, сильно отличающийся от других циркулирующих вариантов, представляющих интерес и озабоченность. Он не похоже на «дочь дельты» или «внука беты», а скорее представляет новую линию SARS-CoV-2.

Некоторые из его генетических изменений известны по другим вариантам, и ученые знают, что они могут повлиять на передачу или позволить иммунное уклонение, но многие из них являются новыми и еще не изучены. Хотя можно делать некоторые прогнозы, исследователи все еще изучают, насколько мутации повлияют на его поведение.

Во-первых, тщательные эпидемиологические исследования стремятся выяснить, показывает ли новая линия изменения в трансмиссивности, способности инфицировать вакцинированных или ранее инфицированных людей и так далее.

В то же время лабораторные исследования исследуют свойства вируса. Характеристики роста вируса сравниваются с характеристиками других вариантов вируса, и определяется, насколько хорошо вирус может быть нейтрализован антителами, обнаруженными в крови вакцинированных или выздоровевших людей.

В конце концов, полное значение генетических изменений, наблюдаемых в B.1.1.529, станет очевидным, когда будут рассмотрены результаты всех этих различных типов исследований. Это сложное, ответственное и дорогостоящее мероприятие, которое будет продолжаться месяцами, но оно необходимо для лучшего понимания вируса и разработки лучших стратегий борьбы с ним.

Указывают ли первые признаки на то, что этот вариант вызывает другие симптомы или более серьезное заболевание?

Пока нет доказательств каких-либо клинических различий. Что известно, так это то, что количество случаев инфекции B.1.1.529 быстро увеличилось в Гаутенге, где, по всей видимости, начинается четвертая волна пандемии в ЮАР. Это предполагает легкую передачу вируса, хотя и на фоне менее строгих немедикаментозных вмешательств и небольшого числа случаев. Таким образом, пока нельзя точно сказать, передается ли B.1.1.529 более эффективно, чем преобладающий ранее вариант, вызывающий озабоченность, дельта.

COVID-19 чаще проявляется как тяжелое, часто опасное для жизни заболевание у пожилых и хронических больных. Но группы населения, которые чаще всего первыми подвергаются воздействию нового вируса, — это молодые, мобильные и обычно здоровые люди. Если B.1.1.529 будет распространяться дальше, потребуется некоторое время, прежде чем можно будет оценить его последствия с точки зрения серьезности заболевания.

К счастью, похоже, что все диагностические тесты, которые были проверены до сих пор, могут идентифицировать новый вирус.

Более того, похоже, что некоторые широко используемые коммерческие анализы показывают определенную закономерность: две из трех последовательностей целевого генома являются положительными, а третья — нет. Это похоже на то, что новый вариант постоянно ставит галочки в двух из трех квадратов в существующем тесте. Это может служить маркером для B.1.1.529, что означает, что ученые могут быстро оценить долю положительных случаев из-за инфекции B.1.1.529 в день и в каждой области. Это очень полезно для отслеживания распространения вируса практически в реальном времени.