Коронавирус SARS-CoV-2 произошел не от панголинов
Эпидемиологическое исследование показало, что SARS-CoV-2 был связан с оптовым рынком морепродуктов Huanan, рынком живых животных и морепродуктов в Ухани
Группа исследователей из Китая и Соединенных Штатов секвенировала геном pangolin-CoV-2020, коронавируса, выделенного из малайских ящеров (панголинов, Manis javanica), и обнаружила, что этот вирус генетически похож на SARS-CoV-2, но не является его предшественником.
В декабре 2019 года в Ухане, провинция Хубэй, Китай, произошла вспышка пневмонии с неизвестной причиной. Благодаря секвенированию образцов, взятых у пациентов из нижних дыхательных путей был выявлен новый коронавирус, названный SARS-CoV-2.
Эпидемиологическое исследование показало, что SARS-CoV-2 был связан с оптовым рынком морепродуктов Huanan, рынком живых животных и морепродуктов в Ухани.
Вскоре после выпуска генома SARS-CoV-2 ученые секвенировали полный геном Bat-CoV-RaTG13, коронавируса, выделенного из вида летучих мышей, называемого Rhinolophus affinis.
Этот вирус был на 96% идентичен на уровне всего генома SARS-CoV-2, что позволяет предположить, что последний может происходить от летучих мышей.
Однако, поскольку непосредственный контакт с летучей мышью встречается редко, представляется более вероятным, что SARS-CoV-2 перепрыгнул на человека с промежуточного хозяина, а не непосредственно с летучих мышей, как это было в случае как с SARS-CoV-1, так и с MERS-CoV.
«Для эффективного контроля над заболеванием и предотвращения новых побочных эффектов крайне важно определить происхождение SARS-CoV-2», — говорит доктор Цзиньпин Чен из Института прикладных биологических ресурсов провинции Гуандун и его коллеги.
В новом исследовании ученые собрали полный геном коронавируса pangolin-CoV-2020, идентифицированный у трех особей из двух групп инфицированных малайских ящеров, которые, вероятно, были контрабандой для торговли на черном рынке.
Их результаты показали, что pangolin-CoV-2020 генетически связан как с SARS-CoV-2, так и с группой коронавирусов летучих мышей.
Однако филогенетический анализ и особая аминокислотная последовательность в гене S SARS-CoV-2 не подтвердили гипотезу, что SARS-CoV-2 возник непосредственно из pangolin-CoV-2020.
«Хотя наше исследование не поддержало идею о том, что панголины являются промежуточным хозяином, непосредственно ответственным за появление SARS-CoV-2, возможно, что другие коронавирусы могут циркулировать в панголинах», — говорят ученые.
Исследование было опубликовано в журнале PLoS Pathogens.