Создана первая модель S-белка COVID-19 с открытым кодом
Исследователи говорят, что это особенно важно, потому что S-белок играет центральную роль в проникновении вируса в клетки
Коронавирус SARS-CoV-2 является причиной болезни COVID-19. Спайковый белок или S-протеин облегчает проникновение вируса в клетки хозяина.
В настоящее время группа исследователей из Сеульского национального университета в Южной Корее, Кембриджского университета в Великобритании и Лихайского университета в США совместно работают над созданием первых открытых моделей полноатомного S-белка c открытым исходным кодом.
Исследователи говорят, что это особенно важно, потому что S-белок играет центральную роль в проникновении вируса в клетки, что делает его основной мишенью для разработки вакцин и противовирусных препаратов.
Подробности можно найти в статье «Разработка полностью гликозилированной полноразмерной модели спайкового белка SARS-CoV-2 в вирусной мембране», опубликованной в журнале Journal of Physical Chemistry B.
Эта видео-демонстрация иллюстрирует, как построить мембранную систему из моделей белка SARS-CoV-2 S.
Программа построения моделей находится в открытом доступе и может быть найдена на домашней странице CHARMM-GUI, при нажатии на ссылку архив COVID-19 или нажав на ссылку архива в заголовке, а затем на ссылку белки COVID-19 в левой боковой панели.
Разработанная Вонпилом Имом, профессором факультета биологических наук и биоинженерии Университета Лихай, CHARMM-GUI (GUI = графический интерфейс пользователя) — это программа, которая просто, точно и быстро моделирует сложные биомолекулярные системы.
Она описывается как «вычислительный микроскоп», который позволяет ученым понять взаимодействия на молекулярном уровне, которые нельзя наблюдать любым другим способом.
«Наши модели являются первыми полностью гликозилированными полноразмерными моделями спайковых белков SARS-CoV-2, которые доступны другим ученым», — говорит Вонпил Им.
«Мне посчастливилось сотрудничать с доктором Чаок Сок из Сеульского национального университета в Корее и доктором Тристаном Кроллом из Кембриджского университета в Великобритании. Наша команда потратила дни и ночи, чтобы очень тщательно построить эти модели. Моделирование было очень сложным, потому что было много участков, где простое моделирование не давало высококачественных моделей.»
Ученые могут использовать эти модели для проведения инновационных и новых имитационных исследований для профилактики и лечения COVID-19.
Hyeonuk Woo et al, Developing a Fully-glycosylated Full-length SARS-CoV-2 Spike Protein Model in a Viral Membrane, The Journal of Physical Chemistry B (2020). DOI: 10.1021/acs.jpcb.0c04553